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不做实验也能发文章?快试试这个RNA和蛋白结合预测工具

2020-02-04 10:05:53 | 3879 次浏览

做lncRNA研究,当你找不到可以和lncRNA结合的miRNA,而你却想从ceRNA机制入手时,肯定想看看有没有些蛋白和lncRNA结合。今天给大家推荐的catRAPID,就是一个非常实用的RNA与蛋白结合预测网站,主要针对蛋白质与RNA相互作用的能力进行高精度预测,利器在手,预测无忧!

 

catRAPID

 

网址:

http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group

catRAPID是一个专门用来计算蛋白和RNA结合特性的工具,通过整合secondary structure, hydrogen bonding , van der Waals contributions来预测蛋白和RNA的结合可能性。

 

 

catRAPID由6个分析模块构成,这次主要介绍其中最重要的两个模块:catRAPID omics和catRAPID express。

catRAPID omics:预测某个lncRNA能和哪些蛋白结合,或者反之;

catRAPID express:分析RNA和蛋白具体的结合信息。

 

 

catRAPID omics

 

进入catRAPID omics模块后,可以从RNA入手,或者蛋白入手,进行相应的预测。

 

 

以hotair为例,进入RNA序列模块后,把hotair的序列信息输入即可看到下列图中实例。

 

 

在下方输入邮箱地址,进行分析,当分析完成后,邮件会提醒分析结果完成,并提供结果链接,进入就可以了。

 

 

可以看到结果中,会把高结合,中等结合,低结合的蛋白都会非常详细的展示出来,通过这个,我们就可以找到可能和hotair结合的蛋白了。

 

 

catRAPID express

 

通过第一个分析找到了可能结合的蛋白。那么,他们到底是通过RNA的哪个片段,和蛋白的哪个区域结合呢?

 

 

进入catRAPID express模块,选择“catRAPID express”即可。当然,其他两个模块也都可以用。

 

 

以蛋白PES1和lncRNA-ANRIL为例,分别输入蛋白序列和RNA序列,输入邮箱分析即可。我们可以发现,结果分别以热图和表格形式来表现结合的位置。下面图中,可以看到该lncRNA的3’端可以和蛋白的N端和C端都有十分高的结合。所以,PES1和ANRIL有两个可能的结合位置。

 

 

 

这里以两个简单的例子介绍了寻找lncRNA结合蛋白和lncRNA与蛋白结合信息预测。当然了,这个工具还有其他功能值得大家继续探索~有机会我们再做其它模块的分享!

 

声    明

 

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